ソフトウェア

POPDIF : 経験ベイズ法による分集団間のペアワイズFstの推定

原著論文 Kitada, S., T. Kitakado and H. Kishino (2007) Empirical Bayes inference of pairwise FST and its distribution in the genome. Genetics 177, 861-873. (PDF)
解説 北田修一, 北門利英, 岸野洋久 (2008) 集団間の遺伝的分化の経験ベイズ推定.水産育種 38, 41-50.(PDF)
ソフトウェア概要 POPDIFは、K個の地域標本の遺伝子型データから、遺伝子座毎に分集団全体にわたるグローバルFstと遺伝子流動率を最尤法で推定し、これに基づき2つの集団間のペアワイズFstの事後分布を推定します。データ形式は、Genepopフォーマットまたは対立遺伝子(ハプロタイプ)頻度(個体数)が使用できます。 マニュアル
ダウンロード プログラムの ダウンロード 。ZIP形式のファイルには、以下のファイルが格納されています。
  • インストールプログラム(POPDIF_v10.EXE)
  • Example data
  • POPMIX2.0 : 複数遺伝子座の対立遺伝子頻度に基づく混合率の最尤推定

    原著論文 岸野洋久, 北田修一, 平松一彦 (1994) 遺伝標識による混合群の分解とサンプリング計画. 日本水産学会誌 60 (3): 359-364. (PDF)
    Kitada S, C. Fujikake, Y. Asakura, H. Yuki, K. Nakajima, K. Vargas, S. Kawashima, K. Hamasaki and H. Kishino (2013) Molecular and morphological evidence of hybridization between native Ruditapes philippinarum and the introduced Ruditapes form in Japan. Conservation Genetics 14:717-733.(PDF)
    解説 岸野洋久(1999)遺伝標識による混合群の分解とサンプリング計画.「生のデータを料理する:統計科学における調査とモデル化」日本評論社, pp. 132-142.
    ソフトウェア概要 POPMIX2.0は、混合群とK個の基準群の複数遺伝子座の対立遺伝子(またはハプロタイプ)頻度から、混合群における基準群の混合率を推定します。混合率の推定精度は、基準群の遺伝子型頻度の推定誤差も考慮して推定しています。この下で、基準群、混合群の標本数に対する混合率の標準誤差の等値線を出力します。データ形式は、Genepopフォーマットまたは対立遺伝子(ハプロタイプ)頻度(個体数)が使用できます。 マニュアル
    ダウンロード プログラムの ダウンロード 。ZIP形式のファイルには、以下のファイルが格納されています。
  • インストールプログラム(POPMIX_v20.EXE)
  • Example data